Ученый из Института гриппа рассказал о линиях SARS-CoV-2 в России
Индийский штамм начал вытеснять другие линии SARS-CoV-2, циркулирующие в Санкт-Петербурге, и в июне составляет большую часть из изученных образцов, заявил заведующий лабораторией молекулярной вирусологии ФГБУ «НИИ гриппа им. А. А. Смородинцева» Андрей Комиссаров 15 июня на онлайн-семинаре Института междисциплинарных медицинских исследований. Запись семинара опубликована на Youtube-канале Европейского университета в Санкт-Петербурге.
Комиссаров отметил, что пандемия вызвала бум генетических исследований вирусов. По его словам, за полтора года в мире было изучено 1,9 млн геномов SARS-CoV-2, что в шесть раз превышает количество данных по всем вирусам гриппа за всю историю человечества.
В России первый геном SARS-CoV-2 был секвенирован в марте 2020 года. С тех пор идет изучение геномов коронавируса, поступающих со всех регионов. Однако данные по геномам географически представлены неравномерно. Из одних регионов для секвенирования поступает много образцов, например, из Москвы, Петербурга, Екатеринбурга, из других регионов образцы поступают фрагментарно.
Комиссаров подчеркнул, что в выборке подавляющее число образцов поступает из Петербурга, поэтому экстраполировать распространенность различных штаммов на Россию «было бы неправильно». При этом ученый отметил, что от доли секвенированных образцов в общей массе вирусов зависит чувствительность при выявлении новых штаммов вируса. В России эта доля очень маленькая (доли промилле от общего количества случаев).
«Те данные, которые мы генерируем, они позволяют только качественно и довольно грубо оценивать доли тех или иных вариантов», — подчеркнул Комиссаров.
Ученый представил данные по штаммам вируса в России и их динамику. В целом в России с начала пандемии выявлены 139 из 1296 существующих штаммов SARS-CoV-2. К настоящему времени штаммы, выявляемые с начала 2021 года в России (российские линии В.1.1, В.1.1.317, В.1.1.397) практически вытеснены другими штаммами: появился британский штамм B.1.1.7, возникла новая эндемичная линия АТ-1 («северо-западный» вариант, уже распространившийся и в другие страны, по другой классификации — B.1.1.370.1).
Начиная со второй половины апреля 2021 года в России появился индийский штамм В.1.617.2. Частота этого штамма в России увеличилась, и, как следует из представленной докладчиком презентации, в начале июня эта линия составляла более двух третей из всех образцов (в основном образцы поступали из Петербурга).
«Сейчас мы видим очень быстрое увеличение доли этого вируса. И эта ситуация характерна не только для отдельных регионов нашей страны, но также и, например, для Великобритании, которая генерирует огромное количество генетических данных. По Великобритании видно, что штамм B1.617.2 очень активно вытесняет британский штамм B.1.1.7. Возможно, B1.617.2 — это штамм, вызывающий наибольшую обеспокоенность как глобально, так и в масштабах Российской Федерации», — сказал Комиссаров.
Комиссаров обратил внимание также на так называемый «северо-западный» вариант вируса (АТ.1, или B.1.1.370.1). Первоначально этот штамм был выявлен в январе-феврале 2021 года в Псковской области и в Санкт-Петербурге. Сейчас он выявляется еще в Москве, Новгородской и Белгородской области, а также регистрируется в Финляндии, Германии, Великобритании, США, Израиле. По словам ученого, есть данные, позволяющие предположить, что особенности этого штамма могут приводить к лучшей способности вируса заражать клетки, однако пока выводы делать рано, исследования еще не закончены.
«Выявлено снижение в 2,6 раза нейтрализации вируса AT.1 сыворотками реконвалесцентов по сравнению с контрольным вирусом линии B.1.1», — сообщил Комиссаров. В Петербурге доля «северо-западного» варианта в мае составляла около 16%, но с распространением индийского штамма эта доля снизилась.
Рассказывая о других линиях SARS-CoV-2, докладчик особо отметил линию B.1.1.523, которую назвал очень интересной и важной. По словам ученого, согласно литературным данным, отмечено снижение нейтрализации этого вируса сыворотками крови людей, привитых вакцинами Moderna и Pfizer. «Мы видим, что количество штаммов этой линии медленно, но нарастает. В основном они встречаются в Москве, Центральном Федеральном округе, отдельные образцы мы регистрируем Свердловской области, в Ставропольском крае и видим плавный рост количества этих обрацов в Санкт-Петербурге», — сказал докладчик.
