Инструмент для сборки генома вируса создали ученые из России и США
Инструмент, позволяющий быстро воссоздать геном искомого вируса из его множества частей в исследуемом материале, создали биоинформатики Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ и Калифорнийского университета в Сан-Диего, 25 мая сообщила пресс-служба СПбГУ.
Как объяснили специалисты СПбГУ, выявление нужного генома вируса в собранном материале является кропотливой работой, главная сложность которой в том, что искомый геном находится в исследуемой среде в виде тысяч разорванных частей разной последовательности. Там же находятся цепочки генома других вирусов и бактерий. Это миллионы перемешанных «пазлов».
Ассемблер (сборщик — прим. ИА Красная Весна) metaviralSPAdes позволяет быстрее и удобнее искать фрагменты генома патогенов.
В сообщении подчеркивается, что новый сборщик способен еще и собирать из них готовый «пазл» — геном вируса.
Это позволяет быстрее приступить к разработкам тест-систем и вакцин от опасных инфекций. Ученые для изучения нового вируса в первую очередь берутся за расшифровку его генома. Научная статья с результатами работы опубликована в журнале Bioinformatics.
«Безусловно, проведение переписи вирусных геномов самых разных животных является сложной вычислительной проблемой. Однако, имея под рукой metaviralSPAdes, биологи теперь могут куда проще реконструировать вирусные геномы летучих мышей или любых других потенциальных источников будущих пандемий», — говорится в сообщении.
Напомним, что в 2017 году ученые из России и США создали ассемблер metaSPAdes, который стал ведущим инструментом для решения подобных задач. Он позволял собрать метагеном, являющийся набором из сотен различных геномов микроорганизмов, обитающих в одной среде.
В 2012 году российско-американская команда ученых создала сборщик SPAdes. Этим инструментом ученые пользовались для изучения многих вирусов, оказавшихся возбудителями вспышек в различных частях Земли. В их число входили: ближневосточный респираторный синдром (MERS) в Саудовской Аравии, эбола в Конго, менингит в Гане, лихорадка денге на Суматре.
